छोटे बच्चों में, हार्मोनल असामान्यता की स्थिति में, उपचार में इंजेक्शन शामिल हो सकते हैं टेस्टोस्टेरोन, जिसकी खुराक और नियमितता एंडोक्रिनोलॉजिस्ट द्वारा निर्धारित की जाती है। यह अच्छी तरह से किया जाने वाला उपचार लिंग के आकार को बढ़ाता है। जब माइक्रोपेनिस लिंग के ऊतकों के कारण होता है जो टेस्टोस्टेरोन के प्रति असंवेदनशील होते हैं, तो इस हार्मोनल उपचार का कोई प्रभाव नहीं पड़ता है।

जितनी जल्दी माइक्रोपेनिस का पता लगाया जाता है, उतनी ही तेजी से उपचार किया जाता है, यह उतना ही अधिक प्रभावी होगा। यौवन के आसपास भी उपचार आवश्यक हो सकता है। यौवन के बाद, हार्मोनल उपचार अब प्रभावी नहीं है क्योंकि ऊतक अब उसी तरह प्रतिक्रिया नहीं करते हैं।

सूक्ष्म शिश्न का शल्य चिकित्सा उपचार     

वयस्कता में, जब माइक्रोपेनिस का इलाज नहीं किया गया है या जब उपचार पर्याप्त रूप से प्रभावी नहीं रहा है, तो सर्जरी संभव है। हालांकि, यह हमेशा ठोस परिणाम प्रस्तुत नहीं करता है।

लिगामेंट का खंड लटकानेवाला लिंग का, जो लिंग से प्यूबिस तक जाता है, पेश किया जा सकता है। यह किसी भी तरह से लिंग को संशोधित नहीं करता है, लेकिन आंशिक रूप से इसे प्यूबिस से अलग कर देता है, जिससे यह लंबा दिखाई देता है। ढीली अवस्था में 1 से 2 सेमी और इरेक्शन में 1,7 सेमी का लाभ देखा गया है। यह लम्बाई एक अस्थिर खड़े लिंग की कीमत पर प्राप्त की जाती है, क्योंकि यह प्यूबिस से कम अच्छी तरह से जुड़ा होता है, जिससे प्रवेश कम आसान हो सकता है।

THEऑटोलॉगस वसा इंजेक्शन विषय की चर्बी को उसके लिंग की त्वचा के नीचे इंजेक्ट करना शामिल है। यह किसी भी तरह से लिंग को लंबा नहीं करता है, लेकिन नेत्रहीन इसे मोटा बनाता है। वसा का केवल एक हिस्सा समय के साथ शरीर द्वारा अवशोषित नहीं होता है (विषय के आधार पर 10 से 50%)। पुनर्जीवन असमान हो सकता है और एक "माला" लिंग की उपस्थिति का कारण बन सकता है।

माइक्रोपेनिस के महत्वपूर्ण मनोवैज्ञानिक प्रभाव हो सकते हैं, विशेष रूप से किशोरावस्था के दौरान, यह महत्वपूर्ण है कि व्यक्ति की मदद की जाए और उसकी शंकाओं को ध्यान में रखा जाए।